Využití eDNA pro společnou detekci patogenů

Náš článek Dual Detection of the Chytrid Fungi Batrachochytrium spp. with an Enhanced Environmental DNA Approach byl v březnu 2021 přijat v prestižním časopisu Journal of Fungi, číslo 7: https://www.mdpi.com/2309-608X/7/4/258

Environmentální DNA (eDNA) je rychle se rozvíjející metoda, která umožní detekovat přítomnost organismu na základě jeho DNA v prostředí (typicky ve vodě či vlhké půdě). V případě patogenů je tento přísun DNA do prostředí velmi vysoký díky produkci a uvolňování infekčních stádií. Z vodního prostředí lze eDNA relativně jednoduše získat pomocí filtrace. Filtry zachytávají mikroskopické částice včetně enviromentální DNA. Na filtrech tak získáme stopy DNA všech organizmů, které se na daném místě vyskytovaly a takový vzorek pak lze použít k zjištění jejich přítomnosti (Harper et al. 2019). Tato metoda bývá používána pro průkaz přítomnosti řady druhů, z patogenů obojživelníků se objevily pokusy o detekce plísně Bd (Kamoroff et Goldberg 2017) či Bsal (Spitzen-van der Sluijs et al. 2020). Jejich využití je však omezené z důvodu technické náročnosti i vysokým nákladům na analýzy. Možnost detekovat oba patogeny najednou chybí zcela.

V průběhu prvního roku řešení projektu bylo úspěšně testováno využití eDNA, a to u obou nejvýznamnějších patogenů obojživelníků (Batrachochytrium dendrobatidis a B. salamandrivorans) způsobujících onemocnění chytridiomykózu. Jako první na světě jsme navrhli a otestovali postup, kterým jdou pomocí eDNA detekovat oba zmíněné patogeny současně (dosud bylo možné pouze testování jednotlivých patogenů, i to se dělo velmi zřídka). Námi navržený postup je současně mnohem levnější i jednodušší, a umožní tak širší a rychlejší využití detekčních metod v ochraně obojživelníků.

Další články v rubrice

English ☰ Menu